Sekretariat IMO bierze udział w najnowszych konferencjach mających na celu opracowanie prawnie wiążącego instrumentu międzynarodowego, zgodnego z Konwencją ONZ o prawie morza (UNCLOS), w sprawie ochrony i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej mórz na obszarach niepodlegających jurysdykcji krajowej - znanymi jako „BBNJ”.

Trzecia konferencja międzyrządowa (IGC) odbywa się w siedzibie ONZ w Nowym Jorku (19–30 sierpnia). Obecna sesja konferencji jest trzecią z serii, a czwarta (ostatnia sesja) ma się odbyć w pierwszej połowie 2020 roku.

Na obecnej sesji konferencji omawiany jest projekt tekstu traktatu. Przedstawiciele IMO biorą udział w sesjach plenarnych i grupach roboczych na temat narzędzi zarządzania obszarowego, ocen oddziaływania na środowisko, budowania zdolności i transferu technologii oraz zagadnień przekrojowych. IMO było obecna przez cały proces opracowywania umowy BBNJ, zarówno na etapie przygotowawczym, jak i podczas konferencji międzyrządowej, aby zapewnić państwom negocjującym informacje i pomoc w opracowaniu nowego instrumentu.

IMO ma doświadczenie w opracowywaniu uniwersalnych wiążących przepisów dla żeglugi międzynarodowej w celu zapewnienia zrównoważonego korzystania z oceanów. Dotąd organizacja wprowadziła w życie 50 wiążących globalnie traktatów. Przepisy IMO są egzekwowane w oceanach na całym świecie poprzez ugruntowany system kontroli bandery, wybrzeża i państwa portu. Wiele środków IMO aktywnie przyczynia się do ochrony morskiej różnorodności biologicznej na obszarach znajdujących się poza jurysdykcją krajową, w tym Międzynarodowa konwencja o zapobieganiu zanieczyszczaniu przez statki (MARPOL) oraz Międzynarodowa konwencja o gospodarce wodami balastowymi, jak również konwencja londyńska i protokół regulujący zrzut odpadów na morzu.

IMO przyjęło liczne środki ochronne, których muszą przestrzegać wszystkie statki, zarówno w wyznaczonych wrażliwych obszarach morskich (PSSA), jak i poza nimi. Obejmują one ścisłe zasady dotyczące zrzutów operacyjnych, a także obszarów, których należy unikać, oraz innego planowania tras statków, w tym mającego na celu utrzymanie transportu z dala od lęgowisk wielorybów. Kodeks polarny IMO jest obowiązkowy dla statków działających w Arktyce i Antarktydzie. IMO wydało również wytyczne dotyczące ochrony życia morskiego przed hałasem podwodnym.