W październiku 2022 r. upłynęła czteroletnia kadencja Rady Programowej MCN. Na wniosek dyrektora MCN Witolda Jabłońskiego, uchwałą Zarządu Województwa Zachodniopomorskiego powołano Radę Programową Morskiego Centrum Nauki im. prof. Jerzego Stelmacha w Szczecinie na II kadencję. 

W skład rady weszli: 

- dr hab. inż. Paweł Zalewski, prof. Politechniki Morskiej, dziekan Wydziału Nawigacji, przewodniczący Rady Programowej MCN pierwszej kadencji

- prof. dr hab. Piotr Masojć, profesor zwyczajny Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie, w latach 2002 – 2005 prorektor Akademii Rolniczej 

- dr Halina Stelmach, żona prof. Jerzego Stelmacha, patrona MCN, autorka książki „Wspomnienie o moim mężu”

- prof. dr hab. Radosław Skrycki, zastęcaca dyr. Instytutu Historii i Stosunków Międzynarodowych Uniwersytetu Szczecińskiego,  przew. Zespołu Historii Kartografii przy Instytucie Historii Nauki PAN, członek Komisji Geografii Historycznej Instytutu Historii PAN

- dr Michał Niezabitowski, dyrektor Muzeum Historycznego Miasta Krakowa, członek Międzynarodowej Rady Muzeów ICOM – największej pozarządowej organizacji kulturalnej na świecie

- Tomasz Dostatni – dominikanin, ukończył studia filozoficzne i teologiczne na  Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie, w latach 1990 – 1995 korespondent Radia Watykańskiego w Pradze, założyciel praskiego Ośrodka Kultury Chrześcijańskiej, były dyr. poznańskiego Wydawnictwa „W Drodze”, autor programów telewizyjnych, publicysta prasy świeckiej i katolickiej

- prof. dr hab. Rafał Rakoczy, dziekan Wydziału Technologii i Inżynierii Chemicznej ZUT, laureat stypendium dla młodych naukowców Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej oraz stypendium Ministra Nauki I Szkolnictwa Wyższego dla młodego wybitnego naukowca, w 2018 r. uhonorowany Zachodniopomorskim Noblem 

Rada Programowa jest organem doradczym MCN. Do jej zadań należy między innymi: opiniowanie rocznych planów finansowych i programów działalności Centrum, proponowanie nowych przedsięwzięć, inicjowanie i utrzymywanie więzi pomiędzy MCN a środowiskami kultury, edukacji i nauki.