Marynarka Wojenna była pierwszym rodzajem Sił Zbrojnych, który w 1999 roku rozpoczął współpracę z siłami Sojuszu Północnoatlantyckiego. W ciągu szesnastu lat, w ramach 21 różnego rodzaju misji międzynarodowych polskie okręty spędziły łącznie ponad 90 miesięcy w służbie pod flagą Sojuszu.

W czwartek, 12 marca, o godz. 10.00 na Skwerze Kościuszki w Gdyni, w asyście kompanii reprezentacyjnej Marynarki Wojennej, zostanie zorganizowana uroczystość upamiętniająca 16. rocznicę wstąpienia Polski do NATO.

W pierwszym dniu członkostwa Marynarka Wojenna zrealizowała wszystkie wymagania i zobowiązania uzgodnione przez polski rząd z NATO. Dotyczyło to głównie przygotowania personelu dowództw i sztabów oraz załóg okrętów do wykorzystywania procedur operacyjnych stosowanych w siłach morskich państw NATO. Polskie siły morskie przygotowały również wydzielony kontyngent sił okrętowych, powietrznych oraz wsparcia do działania w składzie Sił Szybkiego Reagowania. Rezultatem kilkuletnich przygotowań był fakt, że zaraz po przystąpieniu Polski do NATO Marynarka Wojenna efektywnie uczestniczyła w polsko-niemieckich ćwiczeniach okrętów rakietowych, które zostały przeprowadzone według procedur Sojuszu. Od 12 marca 1999 roku polskie okręty, samoloty i śmigłowce lotnictwa morskiego ponad 400 razy operowały w międzynarodowych manewrach, z czego 47 razy już w pierwszym roku członkostwa. W czerwcu 1999 roku Baza Morska w Gdyni po raz pierwszy była gospodarzem ćwiczenia NATO okrętów podwodnych pod kryptonimem COPERATIVE POSEIDON, a w listopadzie tego roku pierwszy raz MW organizowała ćwiczenia okrętów podwodnych Sojuszu pod kryptonimem BALTIC PORPOISE. Zmodernizowane, unowocześnione i dostosowane do standardów NATO polskie okręty i samoloty lotnictwa morskiego rozpoczęły udział w ćwiczeniach morskich i lotniczych Sojuszu na Bałtyku i poza jego granicami. Ćwiczenia państw Sojuszu na Atlantyku i Morzu Północnym odbywają się już z udziałem okrętów i lotnictwa polskich sił morskich. Na co dzień, razem z siłami NATO, współdziała ponad czterdzieści polskich okrętów Sił Szybkiego i Natychmiastowego Reagowania NATO. W Marynarce Wojennej utworzono Centrum Operacji Morskich będące w strukturach dowodzenia NATO.

W procesie unowocześniania floty i dostosowywania do standardów NATO do służby w Marynarce Wojennej weszły dwie fregaty rakietowe typu Oliver Hazard Perry – ORP „Gen. K. Pułaski” i ORP „Gen. T. Kościuszko”, cztery okręty podwodne ORP „Sokół”, ORP „Sęp”, ORP „Bielik” i ORP „Kondor”, okręt wsparcia logistycznego ORP „Kontradmirał Xawery Czernicki” (2002 – 2003 uczestniczył w misji irackiej). Zmodernizowano trzy niszczyciele min: ORP „Mewa”, ORP „Czajka” i ORP „Flaming”, dwa okręty ratownicze ORP „Lech” i ORP „Piast”, unowocześniono okręt podwodny ORP „Orzeł”, okręty transportowo-minowe, a także okręty rakietowe typu „Orkan”.

Do służby w lotnictwie morskim weszły nowe samoloty typu „Bryza” w wersji patrolowej, transportowo-desantowej, medycznej i monitoringu ekologicznego, nowe śmigłowce ratownicze „Anakonda”, transportowe Mi-17 i Mi-8 i zmodernizowane śmigłowce zwalczania okrętów podwodnych Mi-14 PŁ oraz śmigłowce typu „SH-2G Super Seasprite” operujące z pokładu fregat rakietowych. Do eksploatacji wprowadzono nowoczesne systemy obserwacji i łączności, systemy dowodzenia i specjalistyczne wyposażenie jednostek brzegowych. Unowocześniono system logistyczny baz morskich i lotniczych, tak aby spełniały one wysokie standardy NATO.

Najważniejszym zadaniem Marynarki Wojennej po wejściu Polski do NATO było przygotowanie i skierowanie okrętów do stałych zespołów Sił Natychmiastowego Reagowania Sojuszu Północnoatlantyckiego. W Europie operują cztery takie zespoły –SNMCMG1 i SNMCMG2 odpowiedzialne za działania przeciwminowe na wodach okalających kontynent europejski oraz SNMG1 i SNMG2 czyli stałe Zespoły fregat i niszczycieli odpowiedzialne za prowadzenie monitoringu i zapewnienia bezpieczeństwa żeglugi na strategicznych morskich liniach komunikacyjnych wokół Europy. Wszystkie cztery zespoły są uznawane za najważniejszy komponent w obronnej strategii Sojuszu. Marynarka Wojenna uczestniczyła w operacjach Sił Natychmiastowego Reagowania juz po sześciu miesiącach członkostwa w NATO, a od października 2002 roku jest w nich obecna na stałe. Jako pierwsze polskie okręty stałą służbę w najstarszym natowskim zespole sił przeciwminowych (obecnie pod nazwą Standing NATO Mine Countermeasures Group One - SNMCMG1) rozpoczęły niszczyciele min ORP „Mewa”, ORP „Czajka” i ORP „Flaming”. W latach 2006 i 2008 Marynarka Wojenna delegowała do zespołu SNMG1 fregatę rakietową ORP „Gen. K. Pułaski”, która prowadziła działania na Morzu Śródziemnym także w ramach zainicjowanej w 2001 roku operacji Active Endeavour. Łącznie w SNMG1 okręt spędził pół roku. Polskie okręty podwodne 4-krotnie brały udział w operacji antyterrorystycznej na Morzu Śródziemnym pod kryptonimem „Active Endeavour”. 3-krotnie był to ORP „Bielik” (2005, 2006/07 i 2009-10), a raz ORP „Kondor” (2008/09). Oba okręty operowały w ramach operacji łącznie ponad 1,5 roku.

W 2010 roku Sojusz powierzył Polsce dowodzenia najstarszym swoim Stałym Zespołem - SNMCMG1. Przez cały rok Zespół działał pod polskim dowództwem realizując zadania związane między innymi z poszukiwaniem niebezpiecznych pozostałości po czasach wojen światowych. W styczniu 2011 roku dowodzenie nad Zespołem przejął połączony belgijsko-holenderski sztab, który przez kolejne pół roku dowodził z pokładu polskiego okrętu dowodzenia. W piętnasty rok funkcjonowania w strukturach Sojuszu Marynarka Wojenna wkroczyła dowodząc po raz drugi „Tarczą Przeciwminową Europy”. Z pokładu „Czernickiego” polski sztab dowodził okrętami NATO przeznaczonymi do reagowania wobec zagrożeń minowych na akwenach europejskich, które mają strategiczne i ekonomiczne znaczenie dla państw Sojuszu oraz są istotne dla bezpieczeństwa międzynarodowej żeglugi. W tym samym czasie polski oficer - kmdr por. Piotr Nieć pełnił funkcję Szefa Sztabu Zespołu SNMG1 działającego na Morzu Śródziemnym i w Rogu Afryki. Przedstawiciele Marynarki Wojennej są obecni także w sztabach, dowództwach i ośrodkach decyzyjnych NATO w całej Europie.

W październiku 2013 roku na terytorium Polski Sojusz przeprowadził ćwiczenie certyfikujące dowództwo sił połączonych NATO - Steadfast Jazz 2013. W fazie morskiej ćwiczenia aktywny udział wzięła Marynarka Wojenna, która delegowała nie tylko okręty, ale także 20 osobowy sztab dowodzenia ćwiczeniem.

Rok 2014 to przede wszystkim międzynarodowe ćwiczenie Sojuszu Północnoatlantyckiego pod kryptonimem „Dynamic Mongoose”, największe międzynarodowe ćwiczenie w ratowaniu załóg okrętów podwodnych „Dynamic Monarch”, sojusznicze ćwiczenie taktyczne z wojskami pod kryptonimem NOBLE SWORD-14 oraz ANAKONDA-14, czyli największe, cykliczne ćwiczenie SZ RP o połączonym charakterze, prowadzone w układzie międzynarodowym.

W chwili obecnej Marynarka Wojenna przygotowuje się do roli kraju-gospodarza największego międzynarodowego ćwiczenia na Bałtyku – Baltops 2015, którego faza portowa zorganizowana zostanie w oparciu o infrastrukturę MW w Gdyni, a całe ćwiczenie odbędzie się w czerwcu tego roku na wodach Morza Bałtyckiego.