Dowodził obroną Polskiego Wybrzeża we wrześniu 1939 roku. Był jednym z tych dowódców, którym Bóg powierzył honor Polaków w dniach tragicznej próby. Zmarł we Francji i tam został pochowany.

Niebawem spocznie w Kwaterze Pamięci na Cmentarzu Marynarki Wojennej, obok swoich podkomendnych. Tym samym wypełni się jego testament.

We wtorek, 18 października br. fregata rakietowa ORP Gen. Tadeusz Kościuszko opuściła Gdynię i udała się do portu Brest we Francji. Na wodach Zatoki Gdańskiej jednostka została pożegnana przez okręt podwodny ORP Orzeł i barkentynę ORP Iskra. W poniedziałek, 24 września br. w Montresor odbędą się uroczystości podjęcia szczątków śp. wiceadmirała Józefa Unruga i Jego małżonki Zofii, a następnie przetransportowanie na pokład okrętu. - W najbliższych dniach będziemy uczestniczyć w niezwykle ważnych dla nas marynarzy wydarzeniach. Na pokładzie polskiego okrętu, z polskimi marynarzami, pod biało czerwoną banderą, do niepodległej Polski powrócą prochy przedwojennego, legendarnego dowódcy Floty. W ten sposób, 45 lat po śmierci wiceadmirała Józefa Unruga, wypełnia się Jego testament – powiedział dowódca 3. Flotylli Okrętów komandor Mirosław Jurkowlaniec.

Na pokładzie fregaty rakietowej ORP Gen. Tadeusz Kościuszko trumny ze szczątkami wrócą do Polski. W dniach 1-2 października br. w Helu i Gdyni odbędą się uroczystości pogrzebowe śp. wiceadmirała Józefa Unruga i Jego małżonki Zofii.

Symboliczny powrót nad Bałtyk przedwojennego dowódcy Floty i Obszaru Nadmorskiego, nierozerwalnie łączy się z obchodzoną w 2018 roku rocznicą 100-lecia odzyskania przez Polskę niepodległości, a tym samym 100-lecia utworzenia Marynarki Wojennej.
W swojej woli testamentalnej wiceadmirał Józef Unrug, dowódca polskiej Floty i Obrony Wybrzeża z 1939 roku, upomniał się o przywrócenie pamięci, pełną rehabilitację i godne uczczenie bohaterstwa podwładnych i towarzyszy broni.

Przebywając na emigracji we Francji, przed śmiercią zastrzegł, że sprowadzenie jego szczątków do Polski będzie jedynie możliwe: „jeżeli uprzednio lub równocześnie, zostaną podobnie uczczeni i zrehabilitowani także - mający prawo do pamięci Narodu - koledzy, oficerowie Marynarki Wojennej RP, niewinnie straceni lub zmarli w więzieniu”. Wśród nich wymienił m.in. kontradmirałów S. Mieszkowskiego i J. Staniewicza oraz komandora Z. Przybyszewskiego. Dla przywrócenia dobrego imienia Marynarce Wojennej RP admirał domagał się także „dokładnego, jasnego i publicznego ustalenia winy oraz ukarania winnych” popełnionych na nich zbrodni.
Spełnienie głównych warunków okazało się możliwe dopiero w 2013 roku – po odnalezieniu przez Zespół Instytutu Pamięci Narodowej szczątków wspomnianych oficerów w kwaterze „Ł”, na tzw. Łączce, na warszawskich Powązkach i ich późniejszej identyfikacji.

Wywiązując się z obowiązku dbania o godność nieżyjących marynarzy, jaki spoczął przede wszystkim na współczesnej Marynarce Wojennej RP, przedstawiciele Rodzin zamordowanych oficerów oraz kilku instytucji państwowych utworzyli w 2016 roku Komitet Organizacyjny, którego celem było wypełnienie woli śp. wiceadmirała Józefa Unruga.

Dzięki zaangażowaniu Komitetu, na Cmentarzu Marynarki Wojennej w Gdyni Oksywiu utworzona została Kwatera Pamięci, gdzie spoczną szczątki wiceadmirała J. Unruga obok pochowanych wcześniej kontradmirała S. Mieszkowskiego, kontradmirała J. Staniewicza i komandora Z. Przybyszewskiego oraz innych oficerów, podoficerów i marynarzy, których bohaterstwo i poświęcenie nie zostaną zapomniane.